Nejprve zastavte MySQL (a ujistěte se, že neběží žádné procesy MySQL), odstraňte soubory ib_logfile* z datového adresáře mysql a poté znovu spusťte MySQL. Poté tyto soubory znovu vytvoří. Toto jsou příkazy:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Výše uvedené přesune soubory protokolu do domovské složky uživatele pro případ, že bychom je potřebovali obnovit.