Pokud máte příslušná oprávnění, můžete tak učinit přímo v MySQL pomocí LOAD DATA INFILE
příkaz, viz http://dev.mysql.com/ doc/refman/4.1/en/load-data.html
nebo mysqlimport
nástroj, viz http://dev.mysql.com/doc/ refman/4.1/en/mysqlimport.html
Obě metody vám umožní určit, do kterých sloupců mají být data vložena, například:
LOAD DATA INFILE 'myfile.txt' INTO TABLE 'mytable' (col1, col2, col3, ...)
nebo
mysqlimport --columns='col1,col2,...' tablename.csv
Pokud to zamýšlíte udělat z PHP, měli byste být schopni přečíst každý řádek souboru CSV a provést příslušný dotaz SQL INSERT s pojmenováním příslušných sloupců (ačkoli to nebude tak efektivní, jako to udělat přímo v MySQL).
EDIT:Měl bych dodat, že jsi se nezmínil o tom, co jsi zatím zkoušel nebo co ti připadá obtížné; pokud se zaseknete na něčem konkrétním, místo abyste jen hledali návrhy, jak to udělat, aktualizujte prosím otázku, aby to bylo uvedeno.