Jde pouze o aktualizaci odpovídajícího sloupce.
V závislosti na ... hučení ... vaší náladě (?) můžete zkusit:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Nebo
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Nebo
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);