'Root' uživatel pro MySQL NENÍ totožný s uživatelem root pro přihlašování k počítači, takže by nemělo docházet k žádným vedlejším účinkům za předpokladu, že UDĚLÍTE příslušná práva uživateli mysql na produkčním serveru.
To je uživatel zmíněný v
$ mysql -u user -p password db_name
což mohlo sdílet jméno s uživatelem přihlášeným k počítači, ale nemusí.
EDIT:poznámka - běžný uživatel může spustit mysql jako root, pokud je ve výše uvedeném příkazu použito správné heslo. Toto nebude stejné jako kořenový heslo, pokud víte, co tím myslím.
Pokud to není jasné, měli byste se určitě seznámit s významem 'root' v kontextu MySQL.