Problém se týkal chybějícího PK v mé relační tabulce TableA_TableB po přidání PK (TableAID,TableBID), problém vyřešil. Použití uint na EF navíc způsobuje problém s jediným uložením (tabulky můžete ukládat jednu po druhé a po získání ID můžete vytvářet vztahy)