Php Mysql NENÍ V poli ovlivňuje pouze první výsledek v poli

Zde nepotřebujete nabídku:

WHERE id NOT IN('".$exclude."')
                ^            ^

Také můžete dosáhnout stejného výsledku v jednom dotazu:

SELECT 
  id, 
  firstName, 
  lastName 
FROM members 
WHERE id NOT IN
  (SELECT 
     member_id 
   FROM appointments 
   WHERE joint_id = '$jointid')