Docela se stydím, ale pro případ, že by tam byl někdo jiný a čelil něčemu takovému kvůli své hlouposti,
chyba byla, protože složka byla sdílena mezi windows a linuxem a bundler byl spuštěn na windows dříve. Když bylo na ubuntu, byly sbírány dříve nainstalované knihovny Windows namísto nativních linuxových. Čištění vendor/cache problém vyřešil