Ne, mysqli_query automaticky nezmění úroveň izolace. Připojení přes mysqli je v mnoha ohledech stejné jako připojení přes mysql cli. V obou případech získáte výchozí úroveň izolace. A stejně jako cli, ani mysqli nemůže vytvářet žádné předpoklady o tom, jaká prohlášení budou přicházet prostřednictvím připojení.
Každopádně, pokud máte nějaké dobré důvody k obavám z úrovně izolace, myslím, že byste ji měli nastavit explicitně, např.:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
Tímto způsobem můžete zajistit, že máte požadovanou úroveň izolace, a své důvody můžete komentovat v kódu.