Můžete použít dočasný stůl. Požádejte aplikaci php, aby vše vložila do dočasné tabulky a pak zavolala dotaz s tímto druhem logiky.
insert into mainTable
(field1, field2, etc)
select field1, field2, etc
from tempTable
where (subquery to check for existing records goes here)
Nebo můžete použít try/catch. Neznám syntaxi php, ale protože mnoho jiných jazyků umí takové věci, očekával bych, že to bude umět i php.
try
code to insert record
catch
if the error code is the one for duplicate records, do nothing.
if it's something else, handle it accordingly.