Zkontrolujte využití paměti nebo pravděpodobněji využití disku (je během procesu dostatek volného místa?). Změna tabulky může vyžadovat velké množství paměti nebo kopii tabulky na disku. Změna algoritmu změny z INPLACE COPY
může být ve vašem konkrétním případě ještě rychlejší.
Možná také narážíte na innodb_online_alter_log_max_size limit, i když v takovém případě by měl selhat pouze dotaz, nikoli celý server. Je možné, že k selhání může dojít v důsledku ROLLBACK , nikoli však samotnou operaci.
A konečně, některé konfigurace aplikací nebo hostingové servery zruší dotaz/požadavek http, který trvá příliš dlouho. Doporučuji vám provést stejný dotaz na klientovi příkazového řádku pro účely testování.