Nechápu, proč byste měli index shodit. Stačí jej vytvořit jednou na rowid, pokud již není definován jako primární klíč v každé z těchto tabulek, v takovém případě je již indexován.
A nakonec místo mazání a opětovného vkládání dat byste možná mohli provést aktualizaci, která by byla celkově rychlejší.