Spuštění dotazu mysql z phpmyadmin změnilo pouze 1 záznam. Zkoušel jsem ssh, ale stejný problém

Ve vašem dotazu SELECT chybí klauzule GROUP BY. Pravděpodobně máte na mysli:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name