V případě, že někdo jiný narazí na stejný problém a ušetříte mu 2 hodiny procházením zdrojových kódů PHP, připojení PDO MySQL IPv6 funguje, pokud kolem adresy dáte hranaté závorky.
Viz:https://github.com /php/php-src/blob/master/main/streams/xp_socket.c#L568
např.
$pdo = new PDO("mysql:host=[1234:5678::42];port=3306;dbname=foo", ...);