Neznám stupeň čistého Pythonu chcete použít pro kopírování, ale můžete pouze delegovat celou operaci potrubí na shell.
subprocess.Popen('mysqldump -h localhost -P 3306 -u -root mydb | mysql -h localhost -P 3306 -u root mydb2', shell=True)
Mělo by to fungovat stejně, jako když to spustíte na shellu.