Řešení:
Pro ty, kteří čelili stejnému problému - zde je to, co jsem našel. Spustil jsem show variables like 'datadir' a zjistil jsem, že moje datové soubory jsou uloženy v jiné složce:C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\data\
a původně jsem nahrazoval soubory ve složce C:\Program Files.... Byly tam také potřebné soubory.
Takže nakonec všechno dobře dopadlo.