Záleží na tom, jaké úložiště používáte. Tabulky MyISAM nepodporují klastrované indexy, takže primární klíče v tabulkách MyISAM nejsou klastrované. Primární klíč v tabulce InnoDB je však seskupený.
Měli byste nahlédnout do manuálu MySQL pro další podrobnosti o výhodách a nevýhodách každého úložiště.
Musíte mít primární klíč; pokud si žádný nevytvoříte sami, MySQL vám vytvoří skrytý. Vždy můžete vytvořit pole AUTO_INCREMENT pro primární klíč (myslím, že je to lepší, než když má MySQL ve vaší tabulce skrytá pole).