CSV nemá žádný koncept „null“. Není možné rozlišovat mezi polem, které má hodnotu null, a polem, které má legitimně prázdnou hodnotu (např. prázdný řetězec). Budete muset masírovat řádky při jejich načítání před vložením dotazu, abyste nahradili všechny „prázdné řetězce“ vhodnými hodnotami NULL
např.
$row = fgetcsv(...);
$row[0] = 'NULL';