Vazba není v CHOP nulová?

Nelze svázat "NOT NULL". Můžete svázat pouze hodnoty . "IS NOT NULL" není hodnota, je to úplně jiná syntaxe dotazu. Jednoduše budete muset svůj dotaz sestavit dynamicky, vazba hodnot vám s tím nepomůže:

$query = 'SELECT ... WHERE ';
if (/* condition is NOT NULL */) {
    $query .= 'foo IS NOT NULL';
    $stmt = $db->prepare($query);
} else {
    $query .= 'foo = :foo';
    $stmt = $db->prepare($query);
    $stmt->bindValue('foo', $foo);
}
$stmt->execute();