Použijte FIND_IN_SET() pro vyhledání prvku seznamu odděleného čárkami.
$lsc_adminid_query = xtDBquery("
SELECT lsc.option_id
FROM lsc_config lsc
WHERE FIND_IN_SET({$_SESSION['customer_id']}, lsc.option_value)");
Ale bylo by lepší normalizovat váš návrh, abyste na prvním místě neměli seznamy oddělené čárkami ve sloupcích databáze.