Měl jsem stejný problém. Poskytovatel, kterého jsem byl nucen používat, měl pouze MyISAM a já jsme vyvinuli v InnoDB. Je možné migrovat, protože se zdá, že MyISAM ignoruje všechny FK příkazy, které používáte při vytváření schématu.
Použil jsem jednoduchý export z pracovního stolu Mysql a importoval jsem schéma a obsah do vzdáleného hostitele.
Myslím, že omezení databáze by byla zachována, protože jsem vyvinul a testoval pomocí InnoDB s FK kontrolou. Pokud je váš kód solidní, riziko, že databáze ztratí integritu, by mělo být minimální. Ale samozřejmě mohou nastat případy nepředvídaných problémů s klíči, pokud nezvládnete některá omezení ve svém kódu.
Přehled InnoDB a MyISAM storage motory vám mohou dát odpověď, pokud jste se spoléhali na něco jiného, co tyto dva odlišuje.