Vydáváte to přesně tak, jak to MySQL ukládá. Prohlížeč je nastaven tak, aby jej zobrazoval jinak, než jej vypisujete, protože textový obsah odesíláte na stránku HTML. (Zejména nezobrazuje nový řádek pro každý nový řádek, který vypíšete).
Aby se správně zobrazil v HTML, musíte nahradit nové řádky znakem konce řádku, nl2br
je užitečná funkce přesně pro tento účel.
Další způsoby, jak přinutit prohlížeč, aby jej zobrazoval tak, jak chcete, je nastavit typ obsahu na text/plain
místo text/html
nebo použijte <pre>
tag.