Přihlašujete se do HeidiSQL jako root , takže vám zobrazuje všechny databáze, ale vy se přihlašujete do mysql.exe jako aktuální uživatel Windows (protože to je výchozí nastavení), takže vám zobrazuje pouze databáze, které tento uživatel vidí. Pokud spustíte mysql.exe s --user=root --password=... , zobrazí se vám všechny databáze.
