Dobře, myslím, že váš problém je v tom, že ke stažení souboru používáte AJAX.
Stáhnout soubor pomocí AJAXu (nebo spíše - JS) běžným způsobem není možné. Víte, je tu příliš velká díra pro exploity na to, aby to umožňovala (myslím, že ano) - každopádně taková možnost neexistuje.
Existují však řešení. Jedním z nich je dynamické vytvoření skrytého prvku iframe na stránce a následná změna jeho umístění na váš skript pro stahování. Pak ke stahování nepoužíváte JS, ale možnosti běžného prohlížeče.
Další způsob je popsán na této stránce:
http://www.filamentgroup.com/lab/jquery_plugin_for_requesting_ajax_like_file_downloads/
Mybe, bude to pro tebe pomoc.