Měl jsem stejný problém na Arch linux. Myslím, že to není problém závislý na OS. Každopádně jsem to opravil tím, že jsem našel zastaralé balíčky a aktualizoval je.
pip uninstall psycopg2
pip list --outdated
pip install --upgrade wheel
pip install --upgrade setuptools
pip install psycopg2
doufám, že to pomůže...