Musí to být proto, že psycopg2 instalujete do instalace pythonu na systémové úrovni, nikoli do virtuálního prostředí.
sudo apt-get install python-psycopg2
nainstaluje jej do vaší systémové instalace pythonu.
Můžete jej nainstalovat do svého virtuálního prostředí pomocí
pip install psycopg2
po aktivaci virtuálního prostředí nebo můžete vytvořit virtuální prostředí pomocí --system-site-packages flag, takže vaše virtualenv bude mít balíčky ve vašem pythonu na systémové úrovni již dostupné.
virtualenv --system-site-packages test
kde test je vaše virtuální prostředí.