Vaše databáze byla pravděpodobně vytvořena s jiným národním prostředím.
Zkontrolujte \l+ v psql na staré a nové verzi. Budou mít různá národní nastavení.
Další možností jsou různé operační systémy/verze. PostgreSQL používá místní pravidla libc a některé platformy (zejména Mac OS X) mají trochu ... speciální ... libc.
Dne 9.1.9 s en_AU.UTF-8 databáze běžící na Fedoře 19 dostávám:
regress=> select lower('Æ');
lower
-------
æ
(1 row)