Index na tabulce o velikosti, kterou jste zmínili, by obecně mělo být možné vypustit docela rychle (a určitě rychleji než 3 a více minut). Zní mi to, jako by se tabulka/index používal, a proto nemohl být zrušen.
Můžete to potvrdit dotazem na pg_stat_activity a hledáte aktivitu týkající se tabulky, na které jste vytvořili index.