Uvědomuji si, že je to poměrně stará otázka, ale pro ostatní, kteří zde mohou skončit, byste také mohli implementovat vlastní strategii pojmenování, při nastavování továrny na relace byste přidali:
Fluently.Configure(new Configuration()
.SetNamingStrategy(new CustomNamingStrategy()))...
V CustomNamingStrategy implementujte rozhraní NHibernate.Cfg.INamingStrategy a pro všechny metody v podstatě pouze vraťte parametry s uvozovkami.