Flask-Migrate nečte v databázi, aby viděl závislosti mezi objekty. Úspěšné migrace můžete dosáhnout změnou pořadí drop_table v souboru migrace.
Co můžete udělat, je upravit soubor migrace takto:
op.drop_table("parameter_subtype")
op.drop_table("parameter")
A pak spusťte příkaz upgrade. Normálně objednání poklesu v tomto pořadí by mělo problém vyřešit.