Problém se mi podařilo vyřešit. Neexistuje žádný způsob, jak nastavit vlastnost v připojovacím řetězci nebo jakékoli z vlastností NpgsqlConnection nebo NpgsqlCommand .
Podařilo se mi však nastavit hodnotu client_encoding v dotazu. Takže přímo po otevření připojení jsem nejprve provedl (ne)dotaz:
set client_encoding = 'WIN1252'
Poté jakýkoli následující příkaz na stejném připojení použil správné kódování a vrátil výsledky bez stížností.