Takže se ukázalo, že způsob, jakým jsem importoval, byl nesprávný.
Ale v zásadě by importy měly být takto:
import clr
import sys
sys.path.append(os.path.abspath('./DLL')) #where your dlls are
clr.AddReference('System')
clr.AddReference('FluentNHibernate')
from FluentNHibernate.Cfg.Db import PostgreSQLConfiguration
Není potřeba importovat knihovnu DLL, pokud ji do clr importuje jiná knihovna DLL.