Pokud použijete příznak
PlayKeys.externalizeResources := false
distribuční zip je vytvořen bez conf složka a tak soubor META-INF/persistence.xml není zahrnut. Myslím, že v tomto případě Play detekuje model JPA skenováním všech anotací DB. Pokud máte v conf konfigurační soubory složky, které jsou určeny pro úpravy na místě, distribuční balíček bez conf složka není vhodná.
Chcete-li vyřešit problém s DB bez příznaku PlayKeys.externalizeResources měli byste přidat mapování vašeho DB modelu do persistence.xml . Viz příklad v další odpověď