Voláte paginate() na objektu dotazu poskytovaného SQLAlchemy, ale funkce stránkování je dostupná pouze z Flask-SQLAlchemy, která podtřídou základní objekt dotazu pro přidání této a dalších funkcí, včetně get_or_404() a first_or_404() metody, o kterých jste také zjistili, že nefungují.
To vše se děje proto, že jste svou databázi a model vytvořili přímo pomocí SQLAlchemy namísto použití prostředků poskytovaných Flask-SQLAlchemy. Pokud to uděláte podle Flask-dokumentace SQLAlchemy zjistíte, že vše bude fungovat dobře.