SQLAlchemy neví o vaší aplikaci Flask. Pokud tedy chcete používat čistou SQLAlchemy, musíte spravovat připojení.
Pokud se těmito tématy budete zabývat sami bez dostatečných znalostí o připojení db, trvalých připojeních a sdružování připojení, může to vést k velmi špatnému výkonu a chybám. Nejlepším postupem je použít Flask-SQLAlchemy k abstraktní správě připojení db.