Můžete zvážit použití Liquibase, což je odlehčený rámec pro provádění změn databáze (DDL, DML) definovaným způsobem. Jeho hlavním cílem je podpora migrace schémat DB.
Stávající skripty SQL lze snadno převést na skripty liquibase jednoduchým přidáním komentářů obsahujících klíčová slova liquibase. Viz tento příklad
Jediná nevýhoda, která mě napadá, je, že liquibase používá dvě další tabulky k protokolování informací o změnách databáze, které již provedl.