Našel jsem funkční řešení problému (alespoň mi to fungovalo s JDev 12.1.2.0, ale věřím, že by to mělo fungovat i na 11.x):
Přidejte následující řádek do souboru jdk.conf (JDEV_HOME/jdeveloper/ide/bin) a restartujte JDeveloper:
AddVMOption -Dfile.encoding=UTF-8