Pokud je použití Java možností, můžete předat objekt InputStream do PreparedStatement pro vyplnění pole Blob. Něco takového, zpracování výjimek a všechny další věci, které je třeba přidat:
Connection con = someDataSource.getConnection();
String sql = "INSERT INTO MY_TABLE(MY_BLOB) VALUES(?)";
PreparedStatement ps = con.prepareStatement(sql);
InputStream fis = new FileInputStream("MyBigFile.big");
ps.setBlob(1, fis);
ps.executeUpdate();
Myslím, že Java to udělá pomocí bufferů a nenačte celý soubor do paměti.