Přidání podmínek v příkazu MERGE v Oracle SQL pro INSERT/UPDATE

Můžete jednoduše přidat WHERE klauzule na UPDATE . Více o tom v oracle docs.

Takže ve vašem případě by to mělo vypadat takto:

...
WHEN MATCHED
THEN
   UPDATE
   SET   tgt.column3= src.column3,
         tgt.column4 = src.coulmn4
   WHERE tgt.column3 IN (val1, val2) 
WHEN NOT MATCHED
...