Konečně jsem na to přišel - i když je to trochu metoda hrubé síly. V rámci nástrojů pro správu jsem musel spustit katalog.sql a catproc.sql – což znovu vytvořilo objekty sys.
Toto, následované utlrp.sql, vyřešilo všechny mé problémy a nyní jsou všechny objekty úspěšně zkompilovány.