Volání mongoose.model určuje název kolekce, ke které je model vázán, přičemž výchozí je název modelu v množném čísle s malými písmeny. Takže s vaším kódem by to bylo 'models' . Chcete-li použít model se files kolekce, změňte tento řádek na:
var Model = mongoose.model("Model", fileSchema, "files");
nebo
var Model = mongoose.model("file", fileSchema);