Mongodb třídí vnitřní pole

Můžete to udělat pomocí $unwind pomocí updates pole a seřadí výsledné dokumenty podle date a poté $group jejich opětovné spojení na _id pomocí seřazeného pořadí.

db.servers.aggregate(
    {$unwind: '$service.apps.updates'}, 
    {$sort: {'service.apps.updates.date': 1}}, 
    {$group: {_id: '$_id', 'updates': {$push: '$service.apps.updates'}}}, 
    {$project: {'service.apps.updates': '$updates'}})