Dalším důvodem, proč se vám tato chyba může zobrazit, je, že používáte stejný model v různých souborech, ale vaše require cesta má jiný případ.
Například v mé situaci jsem měl require('./models/User') v jednom souboru a poté v dalším souboru, kde jsem potřeboval přístup k uživatelskému modelu, jsem měl require('./models/user') .
Myslím, že vyhledávání modulů a mongoose s tím zachází jako s jiným souborem. Jakmile jsem se ujistil, že se případ shoduje v obou, již to nebyl problém.