Jak vložit prvek do interního seznamu MongoDB?

Jedním ze způsobů, jak to udělat, by bylo $push :

db.col.update(
    { name: 'doc', 'list.id': 2 }, 
    {$push: {'list.$.items': {id: 5, name: 'item5'}}}
)

https://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/push/

Můžete také nahradit $push s jinými operátory, jako je (možná) $addToSet abyste získali přesné výsledky, které hledáte.