Možná vypršel časový limit vašeho kurzoru na serveru. Chcete-li zjistit, zda je to problém, zkuste nastavit timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Viz http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Pokud se jednalo o problém s časovým limitem, jedním z možných řešení je nastavit batch_size (s. další odpovědi).