Zde je jednoduchý způsob použití operátoru $in.
User.find()
.where('fb.id')
.in([3225, 623423, 6645345])
.exec(function (err, records) {
//make magic happen
});
Tečkovou notaci považuji za docela užitečnou pro dotazování do dílčích dokumentů.
http://mongoosejs.com/docs/queries.html