Ano, je naprosto v pořádku použít náhodnou hodnotu pro ID objektu, pokud je nějaká hodnota přítomna v _id pole ukládaného dokumentu, je považováno za objectId.
Od _id pole je vždy indexováno a primární klíč, musíte se ujistit, že pro každý objekt je generováno jiné objectid. Existují určité pokyny pro optimalizaci uživatelem definovaných ID objektů:
https://docs.mongodb.com/manual/core/document/#the-id-field.