Ukládání hodnot výčtu v MongoDB jako řetězců je naprosto v pořádku a ano, pokud indexujete pole, očekával bych, že výkon bude srovnatelný s indexovanými celočíselnými dotazy. Je to rozhodně výraznější než použití celých čísel.
Jedinou skutečnou nevýhodou je, že zaberou více místa, pokud jsou vaše enum řetězce poněkud dlouhé, ale to je docela triviální problém.