Musíte zavolat mongoose.disconnect() pro ukončení připojení, ale musíte také počkat, dokud se vše save hovory dokončily svou asynchronní práci (tj. zavolaly zpětné volání) předtím, než tak učiní.
Takže buď jednoduše spočítejte, kolik je ještě nevyřízených, abyste je mohli sledovat, nebo použijte rámec řízení toku, jako je async udělat něco trochu elegantnějšího.