MongoDB .NET negeneruje _id na upsert

A odpověď samozřejmě nacházím hned po vložení otázky. Z této odpovědi je řešením přidat [BsonIgnoreIfDefault] atribut k ID. V příkladu z otázky by to bylo:

public class MongoObject
{
    [BsonId(IdGenerator = typeof(StringObjectIdGenerator))]
    [BsonRepresentation(BsonType.ObjectId)]
    [BsonIgnoreIfDefault]    // <--- this is what was missing
    public string MongoID { get; set; }

    public int Index { get; set; }
}