Jak zvýšit pole v mongodb?

Jak chyba naznačuje, na klientovi můžete provést aktualizaci pouze pomocí jednoduchého _id volič. Doporučil bych použít metodu s mírnou úpravou kódu:

Meteor.methods({
  incClicks: function(id, news) {
    check(id, String);
    check(news, Match.ObjectIncluding({link: String}));

    News.update(
      {_id: id, 'items.link': news.link},
      {$inc: {'items.$.clicks': 1}}
    );
  }
});

Zde používáme $ pro aktualizaci konkrétního vloženého dokumentu. Další podrobnosti naleznete v dokumentaci.